南通市第三人民医院是一所全民所有制三级医院，医院兴建于1962年，原为南通市传染病医院，已经发展变成一所集医、教、研于一体的具备明显专科特色的综合医院，是南通大学附设南通市第三医院，南京中医药大学南通市中西医结合临床医学院，江苏基本现代化医院试点组织，附设南通市肝脏疾病研究所。
南通市第三人民医院对外开放医院病床900张，目前员工有1000余名，权威专家153人，年门急诊量42万人次，年门诊病人1.3万人。南通市第三人民医院占地80亩，总建筑面积近八万平米，设立两个门诊部，43个临床医学医技科室，一个社区卫生服务中心，七个社区卫生服务站(所)。
近些年，南通市第三人民医院在推进传染疾病专科优势的同时，大力推广综合学科，在全国率先提出并实践“以专科为重点、综合学科共同发展”的创新之路，曾设立了内科、普外科、妇产科、儿科、老年病科、工伤康复医学科、心血液净化中心等一大批具备一定知名度的综合部门。尤其是随着一幢近4万平米集门急诊、住院、医技为一体诊疗综合大厦的全面启用，医院形成了东区“综合”，西区“感染”的诊疗布局，变成一所颇具规模、学科类别齐全的综合医院。现阶段，南通市第三人民医院有肝病科、中西医结合肝病科、肝胆科、消化内科、肝脏疾病ICU、传染病科、肝脏疾病实验室、影像科等9个省级重点专科。
