深圳市慢性病防治中心创立于1989年，由原深圳皮肤疾病预防研究室和肺部疾病预防研究室合并组成。是市卫生部门直属慢性病防治组织，是深圳市公共卫生服务系统的关键组成部分，担负着深圳市慢性传染病和慢性非传染病的防治与控制工作，设有皮肤性病预防科，结核预防科，慢性病防治科，麻风病预防科和预防医学门诊等科室，具备多个深圳医药学重点专科。已发展成集预防、诊治、督查、科学研究、教学等为一体的慢性病防治组织。
深圳市慢性病防治中心目前有工作人员150名，其中博士后2人、博士研究生10人、研究生15人、副主任医师以上职称28人，院内多位医师专家为国内高级专业学会常务理事、理事（委员），国内高级报刊编委等。刘小立主任是中国著名的营养学与慢性病防治权威专家，杨应周副主任是中国著名的肺部疾病与结核疾病预防权威专家，冯铁建副主任是中国著名的性传播疾病与艾滋病防治权威专家。深圳市慢性病防治中心是华中科技大学同济医学院、中山大学、暨南大学、广东医学院等多家高等医科学校、研究组织的研究生培养基地。在已开展的国际、国内24个合作项目中，与欧盟（EU）、世卫组织（WHO）、美国国立卫生研究所（NIH）等合作项目9项。2000年至今，得到WHO课题2项、中国高級课题2项、省部级课题6项、地市级课题92项，在SCI网站收录期刊发表论文5篇，得到深圳科技进步奖5项、创新奖2项。
2002年深圳市慢性病防治中心通过ISO9001：2000质量管理体系认证，2004年PCR检测室通过国家卫生部验收，规范化性传播疾病试验室通过广东省卫生厅确认，2005年试验室通过ISO/IEC17025：1999质量管理体系地区实验室认可，除此之外，本院还有结核分枝杆菌参比试验室等10个检测室。结核分枝杆菌参比试验室，设有P2级试验室开展培养和药敏。
现阶段，深圳市慢性病防治中心已经开展扩建工程，随着硬件配置、软件建设的不断提升，深圳市慢性病防治工作终将重新步上一个新高度。
