北京市第六医院原本是美国基督教长老会于1885年创立的“妇幼专科医院”，1917年改名为“道济医院”，1952年被北京市人民政府接管，取名为“北京市第六医院”。建院至今有131年的历史。一批著名的权威专家、学家曾在本院就职，如：协和医院著名妇产科权威专家林巧稚曾在本院工作并任监事会成员；原中国医科院院长、协和医院大内科主任邓家栋曾任本院内科主任；我国泌尿科奠基者、友谊医院泌尿科主任于惠元曾任本院外科主任等。
历经131年的磨炼，北京市第六医院早已成为一间学科齐全、技术实力雄厚、服务周到贴心、机器设备精良、整体实力强劲，集临床医学、科学研究、教学、防治、公共卫生为一体的二级甲等综合医院，担负着地方近60万人的诊疗、防治、保健任务及外地诊疗机构的会诊、问诊任务。是北京协和、北京安贞医院、中日友好医院呼吸及疼痛专科的医联体成员机构。
在东城区“十二五”卫生建设规划中，北京市第六医院被确立为东城区诊疗中心。近年来，在东城区委、区政府和东城区卫生局的扶持下，北京市第六医院明确了“立足东城，推动基层，努力建设成具备三级综合性医院技术实力、可以推动地区诊疗不断发展的东城区诊疗中心”的123发展战略。
