南通市中医院是三级甲等中医医院、全国示范性中医医院、南京中医药大学附院和南通大学附属中医医院。曾得到全国红旗组织、全国医疗卫生先进集体、省文明医院、省、市文明单位、省抗非先进集体、“江苏五一劳动荣誉证书”获得企业、深圳服务经济发展建设单位、市十佳医院、无红包医院等头衔。附设南通中医学研究所。
南通市中医院科室设定齐全，人才辈出，机器设备先进，专科优势明显。现有一级临床医学和医技科室18个，二级临床医学部门14个，核准医院病床600张。南通市中医院目前员工有730人，其中高级职称人员127人，中级职称人员167人。有全国名中医4人，省名中医三人，市名中医五人，享有国务院专家特殊津贴6人。蛇伤专科为全国重点专科，消化内科、风湿科、骨伤科、中医妇科为省重点专科，肛肠科、中医儿科、肾病科为市重点专科。年门急诊量达50万人次，年出院病人1.4万人数。
南通市中医院有核磁共振、64排CT、DSA、体外循环机、数字X光机、C臂X光机、数字X线成像系统、自动式生化仪、B超、电子肠镜、钬激光、准分子激光等大型医疗设备。
